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Imagerie par spectrométrie de masse

  • Durée: 24 h
  • Accessible en: Formation initiale, Formation continue
  • Langue(s) d'enseignement: Français
  • Niveau de diplôme requis à l'entrée: 6 (Bac + 3)
  • Niveau de diplôme validé à la sortie: remise d'une attestation de compétences
  • Date de publication : 19-04-2021

L’imagerie par MS permet de réaliser la cartographie 2D de différents composés endogènes (métabolites, lipides, peptides, protéines) ou exogènes (médicaments, xénobiotiques) par spectrométrie de masse.

Cette technologie offre de nombreuses applications dans les domaines de la biologie, la clinique, la pharmacologie, la cosmétologie et l’environnement.

Objectifs de la formation

  • Permettre aux participants d’acquérir les bases théoriques et pratiques de l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI et DESI
  • Aborder sur le plan pratique les différents aspects mis en œuvre dans une séquence d’imagerie, soit la préparation des échantillons, l’acquisition des images puis le traitement des données pour des composés de bas poids moléculaire (médicaments, métabolites, lipides) ou haut poids moléculaire (peptides, protéines)

Spécificités de la formation

  • La formation est essentiellement pratique, les participants manipulent en laboratoire.
  • La formation expérimentale sera complétée par des aspects théoriques traités sous la forme de 2 heures de cours magistraux chaque jour.

Pré-requis

  • Connaître les bases de la spectrométrie de masse appliquées aux biomolécules

Modalités d'admission/Conditions d'accès

  • Cadres et techniciens
  • L'ouverture de la formation est soumise à un effectif suffisant de stagiaires.

Programme

Jour 1

  • Théorie :
    • Imagerie-MS : présentation générale et préparation d’échantillon pour les petits composés
    • Spécificités pour l’imagerie MALDI-MS (choix de la matrice et mode de dépôt)
    • Spécificités pour l’imagerie DESI-MS (choix du solvant, débits...)
  • Pratique :
    • Techniques pour la réalisation des coupes de tissus (cryostat) et colorations histologiques des tissus (Bleu de toluidine, HES, …)
    • Préparations des échantillons pour l’analyse des petites molécules (médicaments, métabolites, lipides) en MALDI-MS (dépôt de la matrice par nébulisation automatique) et/ou en DESI-MS
    • Méthodes d’acquisition des images
    • Images des tissus préparés pour l’analyse des petites molécules

Jour 2

  • Théorie :
    • Imagerie MALDI MS peptides et protéines : préparation d’échantillons (traitement des tissus, digestions enzymatiques in situ)
  • Pratique :
    • Préparation des tissus pour l’analyse peptides/protéines : lavages des tissus, digestion enzymatique à la trypsine, dépôt de la matrice par nébulisation automatique et micro-dépôts
    • Méthodes d’acquisition des images (MALDI-TOF/TOF et/ou MALDI-orbitrap)
    • Images des tissus préparés pour l’analyse peptides/protéines

Jour 3

  • Théorie :
    • Traitement des données, reconstruction des images, analyses statistiques (ACP, Clustering)
  • Pratique :
    • Identification des composés : Approche in situ ou hors tissu
    • Traitement des données, analyses statistiques, reconstruction des images
    • Table ronde : discussion autour de l’analyse des données recueillies pour les petits composés, les peptides/protéines, l’identification
  • Renforcer ou acquérir des connaissances théoriques et pratiques supplémentaires en spectrométrie de masse et l’adapter à des besoins spécifiques.
  • Entamer de nouvelles collaborations ou démarrer de nouveaux projets
  • Apporter de nouvelles dimensions aux projets

Administratif

Responsable pédagogique

  • Isabelle Fournier, Professeure
  • Julien Franck, Maître de conférences
  • Maxence Wisztorski, Maître de conférences

Département de biologie - Laboratoire Protéomique, Réponse Inflammatoire et Spectrométrie de Masse (PRISM) - FST - Campus Cité scientifique - Villeneuve d’Ascq

 

Dates, horaires, lieu, tarifs

  • Dates : du 29 juin au 1er juillet 2021
    • Ouverture à partir d'un nombre mimimum d'inscription
  • Durée : 24 h
  • Tarifs : 1 800 €
  • Lieu de formation : Bâtiment SN3 Laboratoire Protéomique, Réponse Inflammatoire et Spectrométrie de Masse (PRISM) INSERM U1192, Campus Cité scientifique Villeneuve d’Ascq